El gobernador de California, Luis Antonio Argüello, estaba interesado en impedir que los rusos en la Bahía Bodega y Fort Ross se movieran hacia el interior.
La legislatura lo aprobó, pero las autoridades de la iglesia no respondieron (habían enviado el plan a sus superiores en México).
Altimira decidió que había un lugar mejor para construir al otro lado del valle.
[8] El trabajo había comenzado demasiado tarde en el año para plantar y cosechar cualquier cosa.
Además, a la Misión se le había prometido una reliquia del santo patrón para poner en el altar.[Ta.
El padre Altimira con unos pocos neófitos fieles huyó a la Misión de San Rafael Arcángel.[Ge.
2] El padre Buenaventura Fortuni, un franciscano español anciano que había estado trabajando en la Mission de San José, fue asignado para reemplazar a Altimira.[Ge.
5] Tenía 58 años cuando fue reemplazado por el padre José Gutiérrez, un fraile franciscano de América del Sur.
3] El padre Gutiérrez continuó construyendo y aumentó el esfuerzo agrícola.[Ta.
Además del cuadrilátero, había huertos, jardines, viñedos, campos de grano, un molino, casas para los soldados y familias indias, una cárcel, un cementerio y una enfermería.[Sm.
Los cultivos se midieron en fanegas, una medida variable de volumen generalmente entre 50 y 60 litros.
(...) la mitad o menos de los bienes muebles, herramientas y semillas existentes.»[Sm.
Los misioneros españoles debían ser reemplazados por párrocos, el primero fue el padre Lorenzo Quijas, que anteriormente había sido asignado a Sonoma y San Rafael.[Sm.
El gobernador estaba gravemente enfermo y murió a fines del mes siguiente.
11] No fue hasta el verano de 1837, debido a nuevos escándalos y cuentas insatisfactorias, que Ortega fue eliminado.[Sm.
5] En agosto de 1839, el gobierno envió a William Edward Petty Hartnell como Visitador General de Misiones para verificar el cumplimiento del Reglamento, pero Vallejo evitó responder, alegando que no tenía tiempo debido a asuntos militares.
Después de que los colonos habían canibalizado los viejos edificios, la naturaleza comenzó a reciclar los restos.
Hubo un tiempo en que la antigua capilla de adobe se usaba como almacén.
[12] Enfermedades europeas como el sarampión y la viruela, para las cuales los nativos americanos no tenían resistencia hereditaria, junto con las condiciones de vida superpobladas y poco saludables en todas las misiones de California (especialmente para mujeres y niños) contribuyeron a la alta tasa de mortalidad.