El general tejano Sam Houston creyó que los tejanos no tenían las suficientes fuerzas humanas para mantener ocupado el fuerte y ordenó al coronel James Bowie que la destruyera.

Bowie no siguió la orden y, en colaboración con el coronel James C. Neil, se abocó a la tarea de fortificar la misión.

Durante los siguientes cinco años, El Álamo fue periódicamente utilizado para acuartelar soldados, tanto tejanos como mexicanos, pero finalmente fue abandonado.

Las edificaciones restantes fueron vendidas a una compañía mercantil que las utilizó para establecer una tienda de comestibles al por mayor.

El sitio fue devuelto a las Hijas hacia fines de ese año.

[4]​ Durante las décadas siguientes, el complejo de la misión se expandió hasta cubrir 1,2 hectáreas.

La nueva capilla estaba localizada en el límite sur del patio interno.

[6]​ En 1745, unos cien residentes derrotaron con éxito una banda de trescientos apaches que habían rodeado el presidio.

Para protección adicional, se agregó una torreta con tres cañones en las cercanías de la puerta principal en 1762.

Hacia 1793, un cañón adicional de una libra fue establecido en un terraplén cerca del convento.

En 1778, ordenó que todo el ganado bovino sin marcar pertenecía al gobierno.

Los registros españoles indican que para ello se hicieron algunas renovaciones, pero no brinda mayores detalles.

En los pocos meses que Cos supervisó a las tropas acuarteladas en San Antonio, ordenó numerosas mejoras para El Álamo.

Allí, los soldados mexicanos colocaron tres cañones, que podían disparar sobre las paredes de la construcción sin techo.

Jameson instaló los cañones que Cos había dejado junto a las murallas.

[23]​ Sin embargo, no había suficientes bueyes para trasladar la artillería a un lugar más seguro y la mayoría de los hombres creían que el complejo era de importancia estratégica para proteger los asentamientos del este.

William Travis y Bowie acordaron compartir la comandancia de El Álamo.

[31]​" Alguna de las habitaciones tenían, incluso, trincheras excavadas en su interior para proveer cierto amparo a los defensores.

[36]​ Santa Anna ordenó que los cuerpos de los tejanos fueran colocados en estacas y quemados.

[44]​ Sólo unas pocas construcciones sobrevivieron a sus esfuerzos: la capilla quedó en ruinas, la mayor parte de los barracones grandes todavía se mantenían en pie y la construcción que contenía la puerta en la pared sur y varias habitaciones quedaron mayormente intactas.

La capilla permaneció desocupada, mientras que el Ejército estadounidense, la Iglesia católica y la ciudad de San Antonio discutían sobre su propiedad.

[47]​ Durante la presencia del Ejército, se realizaron importantes reparaciones en El Álamo.

Los soldados quitaron las malezas y reconstruyeron el antiguo convento y las paredes de la misión, en su mayor parte a partir de las piedras originales que se hallaban dispersas en la zona.

Los informes reportan que los soldados encontraron varios esqueletos mientras removían los escombros del suelo de la capilla.

[45]​ El complejo incluía, finalmente, depósitos de víveres, oficinas, almacenes, una herrería y establos.

Twiggs se rindió y todos los bienes allí almacenados pasaron a manos de los tejanos.

Por esa época, la Iglesia vendió el convento a Honore Grente, quien añadió un segundo piso de madera al complejo.

Grenet usó el convento y la nueva construcción para una tienda mayorista de comestibles.

En 1877, el turista Harrier P. Spofford escribió que la capilla era "un reproche a todo San Antonio.

Varios meses antes de la batalla, el Álamo fue capturado por rebeldes tejanos (básicamente, filibusteros norteamericanos).