En 1722 se trasladó el presidio a las cercanías de la misión.
[2] En 1726, había 45 soldados en la fortaleza y 4 familias que vivían cerca.
En 1763, había 22 soldados del presidio que se les encomendó la defensa de las cinco misiones cercanas.
Contaba además, con los fuertes auxiliares de Cíbolo y Robledo.
En 1790, se hicieron planes para renovar el fuerte, pero la idea nunca fue ejecutada.
En 1806 todas las tropas se habían trasladado a la antigua Misión del Álamo, para entonces un fuerte.
[5] En 1811, el oficial de la milicia retirado, Juan Bautista de las Casas, convenció a los soldados del presidio a rebelarse contra sus oficiales españoles.
[6] En 1825, Erasmo Seguín fue nombrado intendente de San Antonio, un cargo que ocupó durante diez años.
La ciudad y la fortaleza del Álamo fueron capturadas por el ejército mexicano en la batalla de El Álamo , en marzo de 1836; y la guarnición mexicana se restableció temporalmente.