Es considerada un Hito Histórico Nacional y probablemente la más reconocida de las misiones californianas.

[3]​ Sin embargo, una revuelta de nativos en San Diego obligó a abandonar el asentamiento para prestar ayuda.

[6]​ En los siguientes treinta años San Juan Capistrano no dejaría de prosperar, tanto en sus edificios como en población, entre los que se encontraban los nativos conversos llamados juaneños.

El año 1812, acaeció un terremoto que mató a 40 neófitos (indios conversos) y el gran templo resultó destruido.

Para los años 1980 fue erigido un nuevo templo que fue consagrado en 1987;[7]​ y el cual adquirió el título de Basílica en el año 2000 por el papa Juan Pablo II.