Se suponía que el Ministerio del Interior estaba especialmente preocupado con el Gleichschaltung final de la Iglesia Evangélica Alemana.Al principio, Kerrl y los esfuerzos de su ministerio estaban bien dispuestos hacia los cristianos alemanes, que utilizaron las nuevas condiciones para ampliar su alcance de acción.Por otro lado, el Ministerio del Reich también trató de influir en el Papa Pío XII.para hacerse cargo del embajador ante la Santa Sede Diego de Bergen .En la sugerencia hecha en octubre de 1938 por el historiador Hans Koch de abrir una academia teológica ortodoxa en el " Tercer Reich " para establecer junto con Inglaterra una conexión con la Iglesia Oriental , el ministerio reaccionó positivamente y se comunicó por el orador Werner Haugg en noviembre de 1938, que la sede del instituto debería estar en Wroclaw en lugar de lo propuesto en Viena .Después de la guerra, una parte del archivo se refería a los asuntos de las iglesias ortodoxas en Alemania , los territorios ocupados y otros países (17 volúmenes, 1939-1945), la política eclesiástica de la Unión Soviética y la Iglesia Evangélica en Rusia (5 volúmenes, 1935-1945), las iglesias en los Estados bálticos (3 volúmenes, 1928-1942), la política eclesiástica en Wartheland y la Alta Silesia (2 volúmenes, 1939-1945) fueron asumidas por el Archivo Especial en los Archivos Militares del Estado en Moscú.
