[3] Probablemente fue llamado al cargo por el arzobispo Enrique I.
Es de suponer que también trabajó para los obispos sucesores, Diogo II da Silva (1540-41) y Dom Duarte (1542/43), el hijo ilegítimo del rey Juan III de Portugal.
A través de una carta del cabildo catedralicio al rey Juan III todavía se le puede documentar como maestro de capilla en 1544.
[2] Durante los diez años de ausencia del arzobispo, el cabildo catedralicio se permitió una gran libertad creativa y encargó a Fonseca y a sus sucesores la composición de polifonías propias y no de misas ordinarias.
Su Beata viscera es probablemente una pieza del introito del rito de Braga que ya no se practica,[8] tal como se transmite en un misal de 1498.