Inicialmente dedicado al comercio, ingresó a la carrera militar donde alcanzó el grado de coronel en 1870.

Derrotó al cacique Pasuani, consolidando el control militar en la región.

Para proteger la frontera de ataques indígenas, organizó el Batallón “Tarija” 3.º de Granaderos, compuesto principalmente por soldados del Gran Chaco, con base en Caiza.

En 1883, fue enviado como secretario en una comisión exploradora del Gran Chaco, junto al Dr. Daniel Campos quien era un historiador boliviano.

Sus padres fueron Sebastián Estenssoro Artunduaga (1801 - 1873) y María Concepción Rojas Iñiguez (1807 - 1880).