La imagen observada es el resultado de la radiación electromagnética emitida por las moléculas que han absorbido la excitación primaria y reemitido una luz con mayor longitud de onda.
Para dejar pasar sólo la emisión secundaria deseada, se deben colocar filtros apropiados debajo del condensador y encima del objetivo.
La fluorescencia es un fenómeno de luminiscencia de vida corta, y es la propiedad que tienen ciertas moléculas denominadas fluorocromos y fluoróforos.
Es una situación inestable durante la que se emite la mayor parte de la energía que se ha absorbido (con mayor longitud de onda) y vuelve a desplazarse a su orbital.Aprovechando este fenómeno, se han creado los fluorocromos (también conocido como fluoroforos).
Los más comunes son el DAPI que tiñe el núcleo de las células y el GFP.