Los efectos sinérgicos de las micotoxinas con factores genéticos, la dieta e interacciones con otras sustancias tóxicas no han sido completamente investigados; se considera posible que las deficiencias vitamínicas, la subalimentación, el alcoholismo y las enfermedades infecciosas puedan influir en el efecto de las micotoxinas.
Pueden inhibir la síntesis de proteínas, dañar el sistema inmunitario, los pulmones e incrementar la sensibilidad a las toxinas bacterianas.
Las toxinas más comunes en los productos agrícolas son producidas por especies de los géneros Aspergillus, Penicillium, y Fusarium, entre otros.
[10] Stachybotrys chartarum es muy común en edificios, siendo el mayor productor de micotoxinas en interiores; se lo asocia con alergias e inflamaciones del sistema respiratorio.
[13] El término genérico aflatoxina puede referirse a cuatro tipos diferentes de micotoxinas, conocidas como B1, B2, G1 y G2.
En 2004, 125 personas fallecieron y unas 200 otras enfermaron en Kenia como consecuencia de consumir maíz contaminado.
[16] La especie productora de ocratoxinas Aspergillus ochraceus se encuentra a menudo en la cerveza y el vino.
Aspergillus carbonarius es la especie más abundante en las uvas, y sus toxinas contaminan el mosto durante su extracción.
Aunque se encuentra en muchos cereales y en el pigmento Monascus, de uso en alimentos, su impacto en la salud humana aún no ha sido totalmente elucidado.
[18] Es posible que la patulina sea carcinogénica, además de causar trastornos gastrointestinales y del sistema nervioso.
[3] Otras micotoxinas importantes producidas por hongos Fusarium incluyen la beauvericina, eniatinas, butenolide, equisetina y fusarinas.
Otros métodos de control consisten en la separación física, lavado, molido, tratamiento térmico, extracción con disolventes e irradiación.