[1]​ En 2006, Fabrizio formó parte junto al veterano Pierfrancesco Chili en una privada de Honda.

En el Circuito de Brno volvió a participar en 2006 en el Campeonato Mundial de Superbikes, comenzó décimo, pero eligió neumáticos compuestos duros, que se mantuvieron en el ritmo a medida que otros corredores se desvanecieron.

[5]​ Acabó tercero en la ronda 1 en Philip Island, Australia, a pesar de una caída en la salida.

Para 2009, se queda en Ducati Xerox, asociándose Noriyuki Haga después del retiro de Bayliss.

Su primera victoria en WSBK (en su 94.º inicio) fue en Monza después de que Ben Spies se quedó sin combustible.

Siguieron siete podios sucesivos, consolidando su tercer lugar en la clasificación detrás de Haga y Spies.