El carenado fue renovado, pero conservaba un diseño similar para los faros, las tomas de aire y el parabrisas.

Esta versión utilizaba la carrocería de la serie J, con una única diferencia notable, el rotulo "636" en el carenado.

En 2003, hubo una serie de cambios en la ZX-6R, o ZX636 como se la conoce a menudo.

La ZX-6RR ganó el premio Masterbike 2004 en la categoría Supersport y quedó en tercer lugar en general.

De acuerdo con lo que sus competidores ya habían estado haciendo, el nuevo motor de Kawasaki presentaba una disposición de engranajes combinados, en la que el cigüeñal, la transmisión primaria y el contraeje se colocaron en un formato triangular para poder colocar un generador eléctrico central más corto y compacto.

Con unas dimensiones reducidas 40 mm tanto en longitud como en anchura, se decía que mejoraba su comportamiento en las curvas.

La nueva ZX-6R era 10 kg más ligera que el modelo anterior, y los cambios más importantes para 2009 fueron el rediseño del escape, ahora bajo y sin la construcción gruesa debajo del asiento de 2008 y especialmente la introducción de la suspensión Showa Big Piston Fork (BPF)[4]​ para una acción de frenado más progresiva.

La ZX-6R de 2010 se modificó una vez más, con un motor mejorado y embrague deslizante.

La cilindrada del motor nuevamente se incrementó a 636 cc, con dos mapas de combustible disponibles para elegir mediante un interruptor en el manillar.

La barra izquierda era un resorte más grande y fuerte que la derecha, con precarga regulada.

91,5 kW (122,7 hp) @ 13,000 RPM con aire ram[15]​ 100 kW (130 hp) a 14,000 RPM con aire ram[16]​ 101 kW (135 hp) a 13,500 RPM con aire ram La Kawasaki Ninja ZX-6R cuenta con un cambio rápido KQS (solo para subir marcha) y una nueva instrumentación en la que se ha añadido información como un indicador de conducción 'Eco', indicador del nivel de gasolina y visión de autonomía restante, sin duda, detalles muy útiles para el día a día, como la nueva toma de 12 v para cargar accesorios.

En la parte ciclo, la Kawasaki Ninja ZX-6R 2019 tiene una horquilla Showa BFF, frenos monobloque delanteros, mientras que la ergonomía se ha pensado para que pueda hacerse una conducción cómoda a diario y deportiva en circuito.