Su familia también tenía una mentalidad política: la madrastra de Trouillot, Ertha Pascal-Trouillot, una reconocida abogada y jueza, fue nombrada presidenta interina en 1990 cuando el país se estabilizaba y preparaba para las elecciones democráticas.

Antes de comenzar sus estudios académicos, fue activista y se involucró en protestas políticas contra la dinastía Duvalier en Haití y contra el trato del gobierno estadounidense a los inmigrantes haitianos indocumentados.

[1]​[10]​ En los últimos días de su vida académica, se retiró debido a una enfermedad crónica.

[2]​ Su disertación, que luego se convirtió en su segundo libro, Peasants and Capital: Dominica in the World Economy (1988), se centró en cómo los campesinos de Dominica enfrentaron las transformaciones de la industria bananera mundial.

[1]​[2]​En 1990, publicó Les racines historiques de l'état duvaliérien, que luego apareció en inglés como Haiti: State Against Nation.

The Origins and Legacies of Duvalierism, que fue un libro importante con respecto a la represión y el legado en los estudios afrocaribeños.

Además, en 1995, Trouillot publicó Silencing the Past: Power and the Production of History, que se ha convertido en un texto fundamental tanto para los estudios como para la historia de Haití.