En 1986, fue galardonado por su tesis doctoral "Citogenética de las ranas myobatrachidos" por la Universidad de Macquarie en Sídney, con un doctorado Ph.D.
En marzo de 1990, se casó con Leanne Kaye Pattinson, teniendo un hijo y una hija.
De 1996 a 1997, fue miembro del cuerpo técnico asesor para la evaluación regional de bosques en Nueva Gales del Sur.
De 1996 a 1997 fue miembro del consejo asesor en la Oficina de Coordinación Olímpica en Sídney.
La abreviatura Mahony se emplea para indicar a Michael Joseph Mahony como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.