Alí ibn Abi Tálib, primo y yerno de Mahoma, el primer imán (según la creencia chiita), y cuarto califa ortodoxo, está enterrado aquí.

Según la creencia chií están enterrados junto a Alí en esta mezquita los "restos de Adán y Noé".

Después de ser destruido por un incendio, fue reconstruido por el selyúcida Malik Shah I en el 1086, y reconstruida una vez más por el sah safávida Ismaíl I poco después de 1500.

Después, el santuario estuvo cerrado durante dos años, oficialmente por las reparaciones.

Fue renovado por el líder espiritual local de la secta Bohra Da'udí.