Fue construida a instancias del gobernador otomano Mehmet Alí entre los años 1830 y 1848.

En la actualidad la mezquita es visita ineludible para los turistas, que desde ella pueden contemplar una vista privilegiada de la urbe.

[1]​[2]​ Los edificios que existían en el solar fueron demolidos y sus materiales se incorporaron a los cimientos del nuevo templo.

El fundador del edificio, Mehmet Alí, fue enterrado originalmente en el patio de la mezquita en un sarcófago esculpido en mármol de Carrara, aunque la tumba con sus restos se trasladó al interior del templo en 1857.

Hay un reloj en la torre en el lado noroeste del patio, que fue regalado a Mehmet Alí por el rey Luis Felipe de Francia en los años 1836-1840.