Fue la sede del gobierno en Egipto y la residencia de sus gobernantes durante casi 700 años, desde el siglo XIII al XIX.
En la primera mitad del siglo XIX, Muhammad Alí demolió muchos de los edificios más antiguos y construyó nuevos palacios y monumentos en todo el sitio, dándole gran parte de su forma actual.
En el siglo XX fue utilizado como guarnición militar por la ocupación británica y luego por el ejército egipcio hasta que fue abierto al público en 1983.
[7] Sin embargo, estas distinciones funcionales se borraron en gran parte en el siglo XIX bajo Muhammad Alí Pasha, quien revisó todo el sitio y construyó edificios de diversas funciones en toda la Ciudadela.
Actualmente está ocupada por una gran rotonda conocida como la Plaza de la Ciudadela (Midan al-Qal'a) o la Plaza Saladino (Midan Salah ad-Din) junto a la cual se encuentran las enormes mezquitas del Sultán Hassan y Al Rifa'i.