El crecimiento del sistema permaneció detenido por poco más de 11 años.

La idea pronto comenzó a tomar fuerza, hasta que se aprobó su realización.

Así mismo, se puso en operaciones la estación Lerdo de Tejada, localizada entre Exposición y Palacio Federal, la cual había quedado inconclusa.

Para ello, se proyectó la anexión de tres estaciones más: Regina, Niños Héroes y Universidad.

Durante las ampliaciones, se suscitaron varios conflictos con vecinos y dueños de locales comerciales, quienes exigían que el Metro fuese subterráneo.

Esto debido a que en el tramo entre las estaciones General Anaya y Universidad habían finalizado las labores de mantenimiento.

Una opción que destacaba era una ruta entre los municipios de Apodaca y Santa Catarina.

Posteriormente, bajo la nueva administración comandada por Rodrigo Medina de la Cruz, destacó una opción innovadora, que se conocería como 'BETRO', en el que se sustituirían los trenes por autobuses, pero siempre contemplando un viaducto elevado.

Finalmente en 2013, se anuncia que la ruta sería desde la estación General Zaragoza, partiendo en viaducto subterráneo bajo la calle Padre Mier hacia la Avenida Félix U. Gómez, y a partir de Santa Lucía tomaría un trayecto elevado con dirección hacia el norte por la Avenida Félix U. Gómez hasta el Hospital Metropolitano.

Con esto, se anunciaron 3 nuevas rutas TransMetro a partir del Hospital Metropolitano, por lo que en total serían 68 kilómetros de sistema, anunciando que serían inauguradas y entrarían en operaciones en agosto de 2015.

Se realizó una inversión que terminó siendo valuada en 9 439 000 000 (nueve mil cuatrocientos treinta y nueve millones) de dólares, esperando beneficiar a más de 260 000 (doscientas sesenta mil) personas al día.

La primera opción consistía en ampliar el viaducto de la línea 1, desde la estación Exposición, en Guadalupe, hasta Juárez y Cadereyta, vía la carretera libre a Reynosa.

Posteriormente informó, mediante un video en sus redes sociales, el lugar por donde pasarán las nuevas líneas del metro.

Estos consistieron en la realización del primer sondeo de verificación para la cimentación profunda.

El gobernador García aseguró que la construcción se realizará de manera eficiente, efectiva y rápida, sin causar impacto en la ciudadanía.

[28]​ El secretario de Movilidad y Planeación Urbana, Hernán Manuel Villarreal Rodríguez, informó que el proceso constructivo de la línea 6 comenzará con un tramo que incluirá la estación Citadel, donde se encontrarán los talleres y se almacenarán los vagones.

En cuanto a su diseño estructural, el metro cuenta en su mayor parte con tramos elevados, aunque también posee secciones subterráneas y superficiales.

La estación Talleres fue puesta en servicio durante el sexenio del Gobernador Fernando Canales Clariond.

En la actualidad es posible encontrar cualquier modelo de tren en la línea, siendo la única línea que utiliza todos los modelos a la vez, utilizando ocasionalmente desde 2021 también los vehículos construidos por la empresa china CRRC en 2020, así como los remanufacturados por Talbot en 2019.

Los sábados se tienen en circulación 14 trenes de tres vehículos, mientras que los domingos y días festivos únicamente 10.

Esta ampliación incrementó considerablemente el aforo del sistema, pues se incorporaron a él varias líneas de TransMetro mejorando la vialidad y el transporte público en esa zona de la Ciudad, actualmente las estaciones Sendero, San Nicolás y Universidad cuentan con enlace a este servicio.

La expansión incluyó 7 nuevas estaciones que fueron abiertas al público en dos fechas diferentes.

En la actualidad la línea cuenta con servicio hasta la estación Universidad, debido a que se encuentra en labores de mantenimiento en su tramo elevado debido a diversos fallos estructurales encontrados en el viaducto.

El tramo entre las estaciones Universidad y Sendero debe realizar abordando los autobuses de apoyo emergente.

[30]​ Desde el 2006, Metrorrey cuenta con un convenio con la empresa BENLESA (Bioenergía Nuevo León), la cual provee de energía producida mediante biogás (gas metano) al STC.

[31]​ Existen diferentes formas de efectuar el pago del pasaje para abordar el sistema, la principal forma es mediante las tarjetas recargables MIA y Me Muevo, las cuales pueden ser recargadas en cualquier estación del sistema.

El servicio de transporte alimentador a Metrorrey lleva por nombre TransMetro.

Al abordar la unidad y pagar la tarifa se obtiene el derecho a dos trasbordos gratuitos entre autobuses del sistema TransMetro y líneas de metro en un lapso de dos horas.

Los modelos de las Líneas 1, 2 y 3 pueden ser enganchados e interconectados entre sí, para crear convoyes de modelos mixtos, y poseen sistemas que los compatibilizan con la infraestructura del sistema así como los demás trenes en circulación.

Los modelos no fabricados por Concarril o Bombardier cuentan con sistema de aire acondicionado.