Algunos metilotrofos pueden degradar el gas de efecto invernadero metano, y en este caso se los llama metanotrofos.El metanotrofo Methylococcus capsulatus se utiliza para degradar el metano y otros contaminantes.La abundancia, pureza y bajo precio del metanol comparado con los azúcares más comúnmente utilizados, hacen de los metilotrofos unos organismos sumamente competentes para la producción de aminoácidos, vitaminas, proteínas recombinantes, coenzimas y citocromos.Los metilotrofos son un grupo diverso, que incluye tanto bacterias Gram-negativas como Gram-positivas.Podría ser común también entre los quimioautótrofos: varios tiobacilos y bacterias nitrificantes pueden llevar a cabo la asimilación del CO2 por medio del ciclo de Calvin-Benson oxidando formiato.