Cunningham trabajaba para el Pentágono y quería que Snake empujara a Gene a lanzar una bomba nuclear en la Unión Soviética para empañar la reputación de la CIA y prolongar la Guerra Fría.
Después de que Gene es derrotado, le da a Snake los fondos, el equipo, el personal y toda otra información relacionada con "Army's Heaven".
En el epílogo posterior a los créditos, Ocelot habla con un hombre desconocido por teléfono, están planeando usar el Legado para cumplir con su propia agenda.
En el E3 2006, Konami anunció el título del juego, Metal Gear Solid: Portable Ops.
A finales de agosto, Konami dio más detalles del juego.
También confirmó que si el juego era un éxito, contaría con una secuela, la cual terminaría siendo Metal Gear Solid: Peace Walker.
Aunque Hideo Kojima no dirigió el juego, se desempeñó como productor y supervisor de desarrollo.
Masahiro Yamamoto dirigió y Mikumo Gakuto escribió el guion del juego.
Adamska Shalashaska (Revolver Ocelot) entraría también en FOX HOUND después de negociar con Big Boss y acabar la misión.
Luego Big Boss, Major Zero, Revolver Ocelot, Eva, Sigint (Donald Anderson) y Para-Medic(Dra.