Los distintos metabolitos secundarios tienen una distribución restringida en el reino de las plantas, y algunos solo se encuentran en una especie o grupo, por lo que a menudo son útiles en la Botánica Sistemática.
A finales del siglo XIX y de principios del siglo XX, los químicos orgánicos empezaron a estudiar estas sustancias por su importancia como drogas medicinales, venenos, saborizantes, pegamentos, aceites, ceras, y otros materiales utilizados en la industria.
Los metabolitos secundarios de las plantas pertenecen a tres grupos, según sus orígenes biosintéticos:[4][5] 1.
Son fisiológicamente activos en los animales, aún en bajas concentraciones, por lo que tiene muchos usos en medicina.
Por ejemplo, en Judd et al.,[8] son clasificados según su vía biosintética y estructura química.
Según este criterio, además de los terpenoides y los alcaloides se distinguen los siguientes grupos: