[3]​ Tenía las patas más largas que su predecesor Hyracotherium.

Perdió, también con respecto a éste, un dedo, aunque se apoyaba normalmente sobre su dedo medio, a pesar de que los otros dos también eran usados.

Sus ojos eran redondeados y dispuestos más separados a los lados de la cabeza.

Los dientes eran igualmente más largos y parecidos a los de los caballos actuales,[4]​ al igual que su cavidad cerebral.

Como la mayoría de los caballos fósiles, Mesohippus era común en Norteamérica.