[2]​ Geomorfológicamente hablando se pueden distinguir dentro de la merindad varias zonas.

En la parte más meridional las elevaciones son de menor calado y en esta parte se encuentran las sierras de Ujué, San Pedro y Peña.

[3]​ El principal río que discurre por la merindad es el Aragón que pasa por ella desde su entrada en Navarra por Yesa hasta la localidad de Cáseda drenando gran parte de su territorio junto con las cuencas drenadas por sus afluentes Erro, Urrobi, Irati, Salazar y Esca.

La parte más septentrional que cubre el norte de los valles pirénaicos tiene clima de montaña, caracterizadado por tener precipitaciones abundantes que son en forma de nieve en las zonas más altas, inviernos largos y fríos y veranos cortos, secos y luminosos.

La parte central que abarca el sur de los citados valles es oceánica y se caracteriza por tener abundantes precipitaciones repartidas de forma regular a lo largo del año y unas temperaturas bastante moderadas con veranos relativamente suaves e inviernos frescos.