Su trayectoria académica consistió en el estudio de las excavaciones arqueológicas que realizó en la costa del Perú.

[1]​ Realizó estudios superiores en Lima donde obtuvo los grados de Bachiller en Humanidades en la Pontificia Universidad Católica del Perú en 1965 y Doctorado en Letras en 1968.

Mercedes Cárdenas nunca se detuvo ante la necesidad de recorrer territorios desérticos para registrar sitios arqueológicos ubicados donde otros colegas no habían llegado aún.

[2]​Entre los años 1980 al 1985 estuvo encargada de la coordinación científica y administrativa del "Proyecto Arqueológico Cerro Sechín", que codirigió con Lorenzo Samaniego a partir del Convenio entre la Pontificia Universidad Católica del Perú y el INC, con el auspicio de la Fundación Volkswagen.

[16]​ El proyecto de Sechín que codirigió dio origen a la creación del Museo Max Uhle ubicado en Casma, Ancash.

[10]​ También realizó importancias investigaciones arqueológicas en el valle del Rímac, fruto de lo cual presentó una ponencia en el I Coloquio Valle del Rímac (Intermedio Tardío) en 1998.

[3]​ Enseñó en esta universidad durante 25 años,[1]​ formando así a varias generaciones de arqueólogos.

El reto que hoy tenemos es el de mantener y acrecentar la vigencia del Instituto Riva-Agüero como centro de investigación en Humanidades, con la seriedad y el compromiso que Mercedes Cárdenas siempre demostró."