Recibió su educación primaria en Palmers Green High School, parte de la secundaria la hizo en la Escuela Superior de San Juan, y finalmente su último año en Form College.
Megan afirmó a través de su página de Myspace que toca la batería; tiene una gran variedad de gustos musicales, que incluyen a Cyndi Lauper, Kim Carnes y Weezer.
Aunque Prescott hizo su debut como actriz en un episodio de Doctors, una telenovela de la BBC junto a su hermana Kathryn en 2008, no fue hasta el año siguiente, cuando ella apareció como Katie Fitch en la tercera temporada de Skins, lo cual para ella representó un gran avance en la actuación.
Ella y su hermana, quienes interpretan a Katie y Emily Fitch, gemelas idénticas en la serie, comenzaron el rodaje de la tercera temporada de Skins en julio de 2008 y también representaron a sus personajes en la temporada siguiente (el formato del programa está limitado a sólo dos temporadas por "generación" de nuevos personajes).
Tras terminar con la serie Skins, Prescott expresó su preocupación por su futuro en la actuación, sin embargo ella lo ha considerado como un temor bastante común y ha expresado su interés en protagonizar Desperate Housewives, serie de la cual ella es seguidora.