Hijo del emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Maximiliano II y de la infanta española María de Austria y Portugal.
En respuesta, Maximiliano llevó a tierras polacas un ejército, en un intento por imponerse como nuevo monarca.
Su liberación fue realizada gracias a la intervención del papa Sixto V.
En 1589, renunció formalmente a sus pretensiones sobre el trono polaco.
De 1583 a 1595 fue gobernador de Austria Interior, y a partir de 1612, del Tirol, donde impulsó fuertemente la contrarreforma y promovió al archiduque Fernando de Habsburgo para que fuese electo emperador del Sacro Imperio Romano Germánico.