Durante su juventud tras descubrir su vocación religiosa, decidió entrar en el seminario de Palestrina.

Obtuvo un Bachillerato en Teología por la Pontificia Universidad Lateranense y se graduó en Humanidades por la Universidad de Roma, defendiendo una tesis sobre la historia del cristianismo.

Eligió como lema episcopal la frase "Gaudium Domini fortitudo vestra".

En mayo de 2018 prologó la edición italiana de Bulding a Bridge del padre James Martin del que escribió que era: "útil para fomentar el diálogo, así como el conocimiento y comprensión recíprocos, en vista de una nueva actitud pastoral que debemos buscar con nuestros (sic) hermanos y hermanas LGBT" y que ayudará "a que los católicos LGBT se sientan más en casa" en lo que es después de todo "su iglesia".

[2]​ El cardenal Zuppi fue escogido entre la terna de nombres propuesta por la asamblea de la CEI, formada también por el cardenal Augusto Paolo Lojudice y el obispo Antonino Raspanti.

En el año 1990 hizo junto a los políticos italianos Andrea Riccardi, Jaime Gonçalves y Mario Raffaelli el papel de mediador en las negociaciones entre el Gobierno de Mozambique ("entonces controlado por los socialistas del Frente de Liberación de Mozambique, Frelimo, apoyados por Zimbabue y Tanzania") y el partido de Resistencia Nacional Mozambiqueña ("Renamo"), disputados desde 1977 en la Guerra Civil Mozambiqueña.