[2] Con muy escasos recursos libró una constante guerra de guerrillas, conocida como Guerra Gaucha, deteniendo seis invasiones del ejército español, conservando así el resto del actual territorio argentino libre de invasores realistas.Al año siguiente, luchó también en la Defensa de la ciudad frente a la segunda invasión inglesa, en 1807.Por orden de Díaz Vélez, se reintegró al Ejército llevándose 300 hombres, 500 fusiles y dos cañones.Cuando Belgrano asumió el mando del Ejército del Norte e inició la Segunda expedición auxiliadora al Alto Perú ordenó el traslado de Güemes a Buenos Aires, por indisciplina, causada por una discusión sobre mujeres entre oficiales bajo su mando.San Martín le encomendó el mando de la avanzada del río Pasaje o río Juramento, porque en sus márgenes el general Belgrano había hecho jurar obediencia al gobierno de Buenos Aires, la Asamblea del Año XIII y a la Bandera Nacional.De este modo iniciaba la Guerra Gaucha contra los realistas, ayudado por otros caudillejos, como Luis Burela, Apolinario Saravia, José Ignacio Gorriti o Pablo Latorre.En esas condiciones, unas fuerzas poco disciplinadas y mal equipadas pero apoyadas por la población podían hacer mucho daño a un ejército regular de invasión.Frente a esta negativa y aduciendo la amenaza de un ataque realista sobre la ciudad, avanzó con sus tropas hasta Jujuy, con lo que presionó a sus habitantes y de esta forma logró hacer que el cabildo lo aceptara.Rondeau, enfurecido con Güemes por la revolución en Salta y por haberle impedido llegar refuerzos, retrocedió a Jujuy.Con apoyo del teniente gobernador Gordaliza, se trasladó hasta Salta y ocupó la ciudad.Güemes se retiró al campo con sus fuerzas, que rodearon la ciudad e impidieron las comunicaciones y la llegada de provisiones.Rondeau se vio obligado a capitular, y firmó con Güemes un tratado en Cerrillos, denominado por esto Pacto de los Cerrillos, reconociéndolo como gobernador y encargándole la defensa de la frontera noroeste.sabe; pero no quedará por falta de encargo, y presenciar lo que se mande.es excelente; conviene animar la moral del soldado con pequeñas victorias y creo que tal vez pueda tener Ud.De la Serna se vio obligado a retirarse, hostigado continuamente por las partidas gauchas.Toda la población participaba en la lucha: los hombres actuaban como guerreros, mientras que las mujeres, los niños y los ancianos lo hacían como espías o mensajeros.Güemes jamás obtuvo apoyo económico del Directorio de las Provincias Unidas del Río de la Plata y la ayuda que le prestó el Ejército del Norte fue muy limitada; por ello decidió legalizar monedas privadas locales, que circularon desde 1817 y que se extendieron por todo el noroeste argentino.Por esta causa es que sus enemigos y los historiadores del siglo XIX lo acusaron de cobardía.La mayoría de los historiadores posteriores coincide en que la explicación es muy distinta: Güemes habría sido hemofílico, y cualquier herida le hubiera causado la muerte.[9] Güemes había conversado con San Martín sobre la idea de atacar Perú desde Chile.La persona más indicada para dirigir esas operaciones era Güemes y San Martín lo nombró general en jefe del Ejército de Observación.Güemes regresó sin prisa, ocupó pacíficamente la ciudad y perdonó a los revolucionarios.Esa fue la llamada "Revolución del Comercio"; aunque fracasada, dio inicio a un partido de oposición, conocido como "Patria Nueva", en oposición a la "Patria Vieja", es decir, al partido de Güemes.El general Olañeta ya estaba en camino a Salta y mandó al coronel José María Valdés, alias «Barbarucho», por un camino desierto de la Puna, acompañado por miembros de la familia realista Archondo.El coronel Valdés era un español nativo de Valencia, radicado desde hacía décadas en la región y con experiencia en arrear y robar ganado, oficios que le permitieron conocer múltiples senderos poco transitados.Sin responder a los enviados y en su presencia, Güemes reunió a sus oficiales y les pidió que jurasen que nunca aceptarían ningún tipo de trato para beneficiar al enemigo en suelo patrio; pedido que fue respondido con el entusiasta juramento de los oficiales y gauchos salteños.Sin embargo, en Buenos Aires Güemes no era visto así: la noticia de su muerte fue publicada bajo el título "Ya tenemos un cacique menos".Su gesta militar fue recordada por el escritor Leopoldo Lugones como la guerra gaucha, nombre con que se la conoce desde entonces.[15] En el último tercio del siglo XX, los estudios históricos sobre la gesta güemesiana concluyeron que el aporte de Güemes a la lucha por la Independencia Sudamericana fue esencial para la estrategia del "Plan Continental" llevado a cabo por José de San Martín.[18] A principios del siglo XXI, una agrupación política utiliza el nombre de Güemes como patronímico.
