Estrada trabajó en la administración del expresidente de Guatemala Alfonso Portillo a principio del año 2000, fue nombrado para dirigir la Secretaria de Desarrollo Social (SEDESOL), cuyo objetivo fue apoyar los sectores más necesitados del país.

Estrada participó nuevamente como candidato a diputado al Congreso de Guatemala, durante las comicios de 1999 y comicios de 2003 esta vez por el partido Frente Republicano Guatemalteco (FRG) en ambas ocasiones fue elegido.

[6]​ El 20 de noviembre de 2006 Estrada fue proclamado como candidato para la Presidencia de Guatemala por el partido Unión del Cambio Nacional que en ese entonces el nombre del partido era "Unión del Cambio Nacionalista" hasta que fue modificado en 2011.

[7]​ Nuevamente, Estrada en 2011 fue candidato para la Presidencia de Guatemala por el partido Unión del Cambio Nacional en las elecciones generales de Guatemala de 2011, en las cuales mejoró su caudal de votos, y obtuvo el cuarto lugar con 385.932 votos, que representa un 8,72% del total; dichas elecciones fueron ganadar por el Gnral.

[8]​ En las Elecciones General de 2015 participó nuevamente, y obtuvo 168,664 votos, equivalente al 3.45% del total.