Más tarde, dirigió al Club América en el Apertura 2002, en sustitución momentánea de Manuel Lapuente.
Meses después Carrillo fue contratado por los Tigres UANL, sin embargo no logró el éxito que se esperaba.
En 2008 fue designado director técnico del Puebla FC en lugar de José Luis Sánchez Solá, pero fue cesado al término del Apertura 2008 ya que tampoco lo acompañaron los resultados.
Fue auxiliar de Manuel Lapuente en la Selección Nacional durante la Copa del Mundo Francia 1998.
Durante el proceso de Javier Aguirre como técnico de la Selección Nacional, Carrillo fungió como su asistente técnico, colaborando con él durante la Copa del Mundo Sudáfrica 2010.