Es hijo del abogado Mariano Fernández Méndez y de María Angélica Amunátegui Vadillo.[2] Desde 1969, casado con María Ángelica Morales Carrasco, con quien tuvo tres hijos; Magdalena, Mariano y Cristóbal.[3] Entre 1994 y 2000, durante el Gobierno del Eduardo Frei Ruiz-Tagle, se desempeñó como subsecretario de Relaciones Exteriores.Fernández perdió en una elección primaria de su partido ante Manuel Antonio Matta, quien en mayo juró en representación del Maule Sur.Actualmente se desempeña como embajador ante la Santa Sede, en Roma, desde abril de 2016.
