Fray Marcos de Guadalajara y Xavier o, con fonética y grafía moderna, Javier (Zaragoza, 1560 - íd., 1631), fraile carmelita, cronista e historiador español.
Nació y estudió en Zaragoza, doctorándose en Teología.
Continuó la Historia pontifical, general y católica de Gonzalo de Illescas, autor de las dos primeras partes, que trazan la historia de los Papas desde San Pedro hasta 1572, en que muere Pío V, contemporáneo del autor.
Luis de Bavia había continuado la historia hasta el año 1605 añadiendo las partes tercera y cuarta, y fray Marcos de Guadalajara rehízo esta última cuarta parte (1592-1605) y la publicó en 1612, redactando después la quinta (1605-1623), impresa en 1629; sin embargo, en 1632 ve la luz una segunda quinta parte adicionada por Tamayo y Salazar, porque el Índice romano de libros prohibidos de Alejandro VII de 1667 prohibió la quinta parte de fray Marcos de Guadalajara hasta tanto se expurgara.
Juan Baños de Velasco cerró la obra con su parte sexta (1623- 1644), aparecida en 1678.