Además, este empresario produjo nuevos libretos de Aurelio Aureli, Francesco Piccoli, Nicolò Minato, Beregan, P. A. Zaguri y Cristoforo Ivanovich, así como varios trabajos sin terminar de su hermano Giovanni Faustini.
Al año siguiente, arrendó la sala durante dos temporadas, para luego volver pero con muchas dificultades entre 1654 y 1657.
Marco tenía derecho a tan solo la mitad del teatro, siendo la otra mitad de uno de sus propietarios originales: Francesco Ceroni, con quien litigió continuadamente Faustini hasta 1657, cuando abandonó San Apollinare por San Cassiano.
A pesar del éxito de Erismena, Marco Faustini evidentemente se encontró en San Apollinare tan incómodo como su hermano.
San Giovanni e Paolo había funcionado continuamente desde su inauguración en 1639 (único teatro que cumple esta característica), y es aquí donde llega Marco Faustini en la década de 1660, donde inició una nueva oleada de actividad, obteniendo como resultado en los doce años sucesivos dos óperas por temporada.
Posteriormente, la frustración de Faustini sería mayor en 1665, cuando Cavalli se encontraba demasiado ocupado en otra ópera para este teatro y a la vez se trasladó a San Salvatore, donde rápidamente compuso dos óperas nuevas: Mutio Scevola (1665) y Pompeo Magno (1666).
En otras temporadas logró convencer a otros como Counts Zaguri en 1660, Nicolò Beregan en 1661 y Cristoforo Ivanovich en 1663.
Pero Marco se sentía incómodo modificando las obras de su hermano, consideradas algo sacrosanto.
El problema que se planteó a Faustini cuando intento producir otros dos libretos póstumos de su hermano: Medea placata, en San Giovanni e Paolo en 1662 fue evidente, ya que ninguna revisión hacía el trabajo viable y al final se retiró cuando ya estaba siendo ensayada por ser “desagradable a los oyentes”, siendo sustituida por Gli scherzi di Fortuna de Aureli y Ziani que tuvo su estreno a finales de enero.
Al final, con similar resultado, Marco no acabó quemado con el mito de Faustini, intentado de nuevo en 1667 producir dos libretos: Alciade y Meraspe (estas obras eran junto a Eupatra aquellas que Giovanni quería llevar a escena en un lugar más apropiado en 1651, con un teatro mayor).
Pocos después Faustini se rodearía de deudas y agotaría su aportación a la vida operística.
Aun así, San Giovanni e Paolo fue un teatro donde Marco Faustini pasó un periodo más largo de tiempo.