Ha sido miembro de la Cámara de Senadores durante la LVII Legislatura del Congreso Mexicano, diputado federal en las LX y LXII Legislaturas.
Posterior a ello fue nombrado Subsecretario de Acción Electoral del Comité Ejecutivo Nacional del PRI y Coordinador de Estudios Políticos del Instituto de Estudios Políticos, Económicos y Sociales.
Entre los políticos que apoyaban a Marco Antonio Bernal destacaban los hermanos Rigoberto (exalcalde de Reynosa), Ramiro (empresario petrolero) y Álvaro Garza Cantu (exalcalde de Tampico ), el exgobernador de Tamaulipas Enrique Cárdenas del Avellano, así como también el exsenador de la república Hugo Andrés Araujo solo por mencionar a algunos.
Finalmente en esta contienda interna Tomás Yarrington derrotó a sus adversarios dejando en un segundo lugar de las preferencias a su paisano y compañero de partido Marco Antonio Bernal lo que motivó a que este último impugnara la elección interna, impugnación que no procedió, motivo por el cual Tomás Yarrington se convirtió en el candidato a gobernador de Tamaulipas por el Partido Revolucionario Institucional para posteriormente ganar la gubernatura de Tamaulipas en las elecciones celebradas el domingo 25 de octubre de 1998.
La candidatura del PRI al Gobierno de Tamaulipas Finalmente recayó en la figura del diputado federal Baltazar Hinojosa Ochoa dejando en el camino de esta nominación a Marco Antonio Bernal quien por segunda ocasión perdió la oportunidad de ser el candidato a Gobernador de Tamaulipas por el Partido Revolucionario Institucional junto con sus otros 5 compañeros priistas aspirantes a esta posición.
Actualmente Marco Antonio Bernal se encuentra alejado de la política.
Ha sido invitado como conferenciante ante diversas instituciones nacionales e internacionales destacando sus participaciones en Ginebra, Suiza; en el Parlamento Europeo en Bruselas; en la Universidad de Nueva Orleans y en la Universidad de Washington.
Ha destacado también como articulista en los diarios Excélsior, El Universal, El Financiero y La Jornada.