Paralelamente a esto ejerció como Profesor de Ciencias Biológicas en el Internado Nacional Barros Arana hasta 1926, mismo cargo que desempeñó entre 1920 y 1926, pero en el Liceo Lastarria.

En sus primeros acercamientos al museo, Marcial Espinosa es recibido por Federico Philippi y Carlos Reiche, quienes estimulan sus intereses en la botánica.

De hecho Reiche y Philippi le encargan colectar especímenes cuando Espinosa debe trasladarse a Ancud, en 1900.

Este retiro no impide que siga investigando, y se concentra sus esfuerzos liderando la sección de Botánica Criptogámica del museo.

Tal vez esto explique su particular interés por la criptogamia o el afán de descubrir nuevas plantas y hacer su descripción.