[1]​ El matrimonio con Francisco no se consumó hasta pasados varios años, debido en parte a que el Rey sufría de fimosis.

Dada su posición y la moral de la época, María Sofía trató por todos los medios de ocultar su preñez, pero tuvo que recurrir finalmente a su familia bávara para encontrar una solución.

El rey Francisco II estableció un Gobierno en el exilio en Roma, que tuvo reconocimiento diplomático en la mayor parte de los Estados europeos como el Gobierno legítimo del Reino de las Dos Sicilias.

Confesado el romance extramarital por consejo de las hermanas Wittelsbach, la relación entre Francisco y María Sofía empezó a ser más cercana.

Se rumoreaba que estaba involucrada con la anarquía y el asesinato del Rey Humberto I en 1900 con el objeto de desestabilizar el nuevo Estado nacional italiano.

Nuevamente surgieron rumores que la involucraron en el sabotaje y espionaje en contra de Italia, esperando que su derrota fragmentara a la nación y se restaurara entonces el Reino de Nápoles.