Su padre, que era agricultor, murió cuando María Sabina tenía tres años, por lo que junto con su madre y su hermana María Ana, dos años menor que ella, fueron a vivir al lado de sus abuelos maternos de nombres Manuel Cosme y María Estefanía, quienes se dedicaban a la cría del gusano de seda y la agricultura tradicional.

Durante su niñez María Sabina vivió en extrema pobreza y en condiciones de desnutrición.

María contaría a Álvaro Estrada haber tenido por parte de su padre ascendientes que practicaban la ceremonia con los hongos.

Dichos ascendientes eran considerados chamanes u “hombres sabios” (chotá-a t chi-née, en mazateco).

Así, mientras estaba en el cerro cuidando a los animales de sus abuelos, encontró algunos hongos similares a los que había visto durante la ceremonia, por lo cual, decidió consumirlos junto con su hermana, teniendo así su primera experiencia extática.

Así Sabina quedaba nuevamente viuda, no obstante, ahora creía poseer el conocimiento para defenderse.

Esto interesó a Robert Gordon Wasson, quien desde 1927 realizaba estudios sobre el uso de los hongos en diferentes culturas.

Durante varios días, grabaron pláticas en cintas magnetofónicas, las cuales fueron transcritas a un sistema fonético de escritura y traducidas al español e inglés.

Recuerdo aquella vez cuando volvió a llegar Wasson; me regaló un disco en el que venían mis cantos.

Estaba disgustada porque en ningún momento le había autorizado a Wasson que robara mis cantos.

Mucho tiempo anduve llorando por esto y el insomnio no me dejaba dormir».

Llegaron hasta su casa agentes federales, esculcaron su vivienda y a ella se la llevaron en un automóvil con todo lo que habían encontrado en su choza, aunque fue inmediatamente puesta en libertad.

[12]​[13]​ Cada año, Berna organiza un festival en Huautla para conmemorar la vida y obra de María Sabina.

[15]​[16]​[17]​ Hay varios locales y comercios en México bautizados en su honor, así como personas que lucran con su imagen.