Mejía es bachiller del Gimnasio Los Pinares[3]​ donde realizó un intercambio académico a Estados Unidos.

En 1995, como Ministra de Educación, diseñó e implementó el primer Plan Educativo Decenal de Colombia y publicó "Un Manual para ser Niño" escrito por el Premio Nobel Gabriel García Márquez.

[7]​ Entre 2003 y 2011, Mejía trabajó como Directora Ejecutiva de la Fundación Pies Descalzos, una organización benéfica fundada por la cantautora colombiana Shakira, y formó parte de su Junta Directiva hasta 2014.

En la Universidad del Valle terminó su carrera y obtuvo el título profesional de periodista.

En 1993 es nombrada por César Gaviria Embajadora de Colombia en España, siendo la primera mujer en ejercer este cargo, luego ratificada por Ernesto Samper.

En 1995 Mejía regresó al país para convertirse en Ministra de Educación, reemplazando a Arturo Sarabia Better.

Se destacó por la elaboración y puesta en práctica del primer Plan Decenal de Educación y por la publicación de "Un Manual para ser Niño", escrito por Gabriel García Márquez.

En 1996 fue nombrada Canciller, justo después de que Estados Unidos le retirara la visa a Samper por el proceso 8000.

[13]​ Emma Mejía tomó posesión ante el entonces Presidente Juan Manuel Santos como representante Permanente ante las Naciones Unidas.

El Grupo se enfoca en la estrategia y los compromisos asumidos para lograr la paridad entre los géneros, en particular en puestos de responsabilidad, expuestos en la declaración de la visión y durante los Diálogos informales por el Secretario General designado.

En 1998 se convirtió en la fórmula vicepresidencial de Horacio Serpa, en las elecciones que perdió con Andrés Pastrana.

En 2000 se lanzó a la Alcaldía de Bogotá como candidata independiente (pero apoyada por el Partido Liberal) obtuvo 536 mil votos, sin embargo perdió ante el candidato Antanas Mockus quien obtuvo casi 700 mil votos.

En 2007 ella hacía parte del partido de izquierda Polo Democrático Alternativo,[19]​ cuando este realizó una consulta interna para elegir candidato a la alcaldía de Bogotá, Mejía perdió contra el ganador Samuel Moreno.