[3] Al menos 45 especies diferentes de mamíferos, como el armadillo, el oso hormiguero, agouti, kinkajú, el puma, y 19 especies de murciélagos han sido vistos.El oso se clasifica como vulnerable, en gran parte debido a la pérdida de hábitat.Los estudios arqueológicos indican los pre-incas Yumbos habitaron la tierra que es hoy Maquipucuna.Hay vías, túmulos y cerámicas que todavía se pueden encontrar en la zona.[8] Se cree que la principal ruta pre-Inca encontrada en Maquipucuna es para llegar a Cachillacta, o la tierra de la sal.
