Se hizo sacerdote luego de haber recibido el correspondiente permiso del Papa Pío IX.

Todos estos sucesos marcaron profundamente a sus otros hijos, el mayor de los cuales era Manuel Sebastián.

Precisamente siendo estudiante de Medicina, estallaría la guerra con Chile, en la que se convertiría en héroe nacional peruano.

En 1879, estalla la Guerra con Chile, y Manuel S. Ugarte se alista como voluntario, siendo asignado como ayudante de medicina en el BAP Independencia.

En tales circunstancias, la Independencia encalló con unas rocas superficiales ocultas por la marea que no figuraban en las cartas de navegación.

Con la Independencia hundiéndose, la Covadonga detuvo su fuga y regresó sobre sus aguas, para eliminar a los ya indefensos náufragos ametrallándolos.

Ante el inevitable fin que ya se le había tendido al Huáscar, fue disposición del almirante Miguel Grau salvar al menos una nave para el Perú (La corbeta Unión, en cuya tripulación se hallaba Ugarte).

Su tripulación tenía la intención de hundir con un torpedo al acorazado chileno Almirante Blanco Encalada.

En tales circunstancias, el 25 de mayo de 1880, se encontró con las dos lanchas torpederas chilenas Guacolda y Janequeo; ante ello, la Independencia disparó primero cuatro cañonazos sobre la Guacolda mientras que casi simultáneamente repelía con su metralla a la Janequeo entablándose así durísimo combate.

La lucha parecía terminada pero aún la Independencia consiguió acercarse así hasta tocar la proa de la Janequeo.

Al conmemorarse los 50 años, así como en el centenario de su sacrificio, diversas instituciones lo recordaron en actos cívicos y homenajes.