En esta casa de estudios es que empezó a militar activamente, siendo el secretario general de la Línea Independiente Antiimperialista en la que participarían otros futuros políticos como el diputado nacional por Salta, Guillermo Martinelli.
En el año 2013 estuvo muy cerca de perder la interna justicialista contra Ramos ya que él había sacado 12.208 votos y Abel Ramos 12.017.
En el año 2017 ganó la interna de su partido con más tranquilidad obteniendo 23.424 votos contra los 4.550 de Fernando Pequeño Ragone, nieto del exgobernador Miguel Ragone.
En las elecciones generales perdería votos, logrando 20.983 voluntades pero sería suficiente para renovar su mandato por cuatro años más.
Godoy conformaría el monobloque Justicialista y si diferenciaría del resto de justicialistas que le harían de oficialismo al gobernador entrante.