Estudió bachillerato en el Instituto Aguilar y Eslava de Cabra.

Licenciado en Ciencias Biológicas por la Universidad de Sevilla, comenzó a ejercer la docencia en 1974.

En 1975 se trasladó definitivamente a Córdoba siendo profesor del Instituto Blas Infante.

Casado con Blanca Toscano, padre de tres hijos (Manuel, José y Carlos).

Dos años más tarde, Manuel Pérez se presentó a las elecciones generales con el primer puesto del Partido del Trabajo de Andalucía, siendo secretario general del partido de Córdoba.