Hernández era hijo del ingeniero civil Manuel Hernández Muñoz y de Ninfa Álvarez Reyero.
Desde 1909 fue socio da Sociedad Española de Historia Natural.
[2] La transición de la arquitectura de principios del siglo XX hacia el modernismo corresponde en gran medida a Manuel Hernández y Álvarez Reyero.
Un número importante de casas de la época firmadas por él muestran un estilo ecléctico y gusto modernista.
Claros ejemplos son las casas del número 17 de la Rúa do Castro en la esquina con Travesa da Universidade, de 1906 (aún en pie), y también la casa del número 8 de la Rúa do Hórreo, de 1909 (hoy derribada)[5].