Nació sordo, en Moûtiers, Saboya, ahora parte de Francia.En su juventud fue enviado al sacerdote español Don Manuel Ramírez, un famoso profesor de sordos en España.Cuando Carlos Manuel murió en 1675, su hijo y heredero, Víctor Amadeo II, tenía solamente nueve años de edad, y Manuel Filiberto se convirtió en presunto heredero del ducado de Saboya, a menos que y hasta que Víctor Amadeo tuviera un heredero varón (que no sucedería hasta 1699).Un gran conocedor de la arquitectura, Manuel Filiberto encargó el Palacio Carignano en Turín, construido entre 1679 y 1684.Guarino Guarini reconstruyó la antigua vivienda, mientras que el proyecto para el parque fue confiado a André Le Nôtre, que realizó magníficos jardines de estilo francés.En 1836, sus restos fueron trasladados a la Iglesia de San Michele en el Monte Pirchiriano.
María Ángela Catalina de Este en una pintura por
Hyacinthe Rigaud
(c. 1690).