La Jefatura del Mando de Operaciones Especiales se estableció inicialmente en Jaca (Huesca) y a finales de 1999 se trasladó a su nueva ubicación en Rabasa (Alicante).Las unidades operativas subordinadas del MOE son los Grupos de Operaciones Especiales Valencia III y Tercio del Ampurdán IV y la Bandera de Operaciones Especiales "C. L. Maderal Oleaga" XIX de la Legión.En la década de 2010, el comando compró un ejemplar del Jankel Fox LRPV, principalmente para probar.[2] El vehículo ligero de reconocimiento Neton para fuerzas especiales se vendió en 24 ejemplares al ejército español en 2020 para operaciones especiales[3] basado en el Toyota Hilux que sustituirá o completará los vehículos Lathar 1.0 de la empresa VT Proyectos[4] que se elaboró sobre la base del Nissan Patrol ML-6.[6] A finales de 2022, la unidad ordenó vehículos blindados TSD LMV,[7] similar al Iveco LMV, pero de fabricación nacional, y el mismo año el Corvus DX4.
Entrada del Acuartelamiento Alférez Rojas Navarrete, también conocido como cuartel militar de Rabasa, sede del Mando de Operaciones Especiales, en Alicante, España
Refugio Militar Capitán Cobo, del MOE, en Pico Veleta, Sierra Nevada.
