A principios de diciembre, hizo una recomendación al Presidente George W. Bush, que autorizó el nuevo comando el mismo día que Rumsfeld abandonó el cargo.
El 26 de febrero de 2007, el Almirante Robert Moeller, nombrado primer director ejecutivo del AFRICOM, llegó en Stuttgart, Alemania, para empezar a crear el marco logístico del comando.
"Kip" Ward como el primer comandante y el comando empezó a funcionar oficialmente cuando la organización llegó a su capacidad operativa inicial en octubre.
AFRICOM solo es diferente en que la situación en el continente, permaneciendo en paz, precisa de la operatividad de miembros del ejército que servirían mejor los objetivos civiles.
Steven Morrison, del Centro de Estudios Estratégicos e Internacionales, consideró que el nuevo mando tiene un potencial que va mucho más allá de la supervisión militar.