Es un destacado defensor de la Antigua República en las Guerras Clon, incluso cuando el conflicto lo lleva a cuestionar sus creencias más firmes.

Como todos en la Orden, al joven chico Korun le enseñó el Maestro Yoda cuando era un aprendiz, y finalmente se convirtió en un padawan de otro Jedi.

Él le informó al consejo que quería un verdadero desafío para encontrar las mejores piezas para su sable de luz.

Después de considerarlo, el Consejo envió a Mace, solo, al planeta Hurikane.

Durante su misión Mace al principio fue perseguido por los nativos que residían ahí, pero pudo resistirlos fácilmente usando la Fuerza.

Cuando ocasionó que uno de los frágiles nativos se destruyera, él entonces dolorosamente lo reconstruyó usando la Fuerza.

Cuando quedó rodeado por un gran número de truhanes, Depa Billaba llegó a rescatarlo, y acabaron fácilmente con sus asaltantes.

Mace Windu mencionaba que Sora sabía “casi tanto como él”, pero no lo suficiente.

El término Vaapad venía de un depredador del planeta Sarapin y sus lunas.

El Juyo estándar contenía rápidos movimientos acompañado de fuertes golpes, en lo que Windu focalizó el Vaapad utilizando la Fuerza y las emociones para repotenciar los ataques (lo que explica porqué Sora y Depa cayeron al lado oscuro utilizándolo).

El Caballero Jedi Obi-Wan Kenobi fue capturado por la Confederación en Geonosis y preparado para ser ejecutado.

Mace, junto con Luminara Unduli, destruyeron los emplazamientos militares Geonosianos que bloquean el camino a la arena en su TX-130 S tanque de combate.

Un acalorado, pero breve combate siguió, en el que Mace Windu decapitó a un cazarrecompensas llamado Jango Fett, el progenitor de los soldados clon, un acto que se predijo hace milenios por Darth Traya en los tiempos de las Antiguas Guerras Sith.

Finalmente, los Jedi fueron superados por los droides de batalla separatistas, pero el Maestro Yoda y los soldados clon los rescataron.

Después de eso, Windu y los otros sobrevivientes se sumaron a la batalla como los comandantes militares Jedi.

Una de las mayores tragedias para Mace fue la caída en el lado oscuro de su mayor orgullo, su antes aprendiz y luego maestra del consejo jedi Depa Billaba, la cual perdió su camino en una misión en Haruun Kal.

Hace algún tiempo, el Consejo Jedi envió allí a Depa Billaba, la antigua padawan de Mace y su compañera en el Consejo Jedi, para que organizara a las tribus locales y formase con ellas una fuerza guerrillera que combatiera a los Separatistas, que estaban empleando sus ejércitos de droides para controlar el planeta y su sistema solar, de gran importancia estratégica.

Al ser devueltos a Coruscant, Billaba quedó flotando en bacta en estado de locura.

Syndulla llegó, y sus fuerzas arrestaron a Windu, que iba tan solo con dos clones.

Palpatine saludó cordialmente a los Jedi como si nada hubiese cambiado, aunque sabía que había empezado el fin del juego.

Con un rugido Sith sobrehumano, Sidious se lanzó contra ellos y los mató rápidamente, dejando a Mace Windu solo.

Este no dejaba de pedir ayuda a Anakin, pareciendo indefenso y agotado, aunque dado el poder que exhibió más tarde es muy posible que Palpatine estuviese fingiendo la derrota para ganarse la compasión de Anakin.

Un atronador impacto de rayos surgieron del traicionero Sidious, lanzándolo por la ventana hacia el vacío.

Este suceso marcó el nacimiento del Imperio y la inclinación de Anakin al lado oscuro.

Al quedar solo su historia, Palpatine les hizo creer a los senadores unas mentiras para poder hacer limpieza y el sable de luz de Mace Windu sería encontrado y vendido al senador Sano Sauro que lo tendría como trofeo.

A través de esos usos particulares él se volvió muy talentoso en la telequinesis.

Samuel L. Jackson pidió a George Lucas tener un sable morado para que pudiera encontrarse fácilmente cuando hubiera combates con muchas espadas láser.