Inicialmente como club amateur, el Botafogo comenzó a competir el mismo año de su fundación, cuando disputó el torneo organizado por la Associação Macaense de Futebol.

[6]​ En 1998, el club adopta el profesionalismo y comienza a participar en la Serie C del Campeonato Carioca, el torneo estadual del estado de Río de Janeiro, logrando el título y el ascenso a la Serie B del Campeonato Carioca.

Después de cinco temporadas en la Serie-C el club da el gran salto en la temporada 2014, conquistando el título ante el Paysandu de Bélem y un inédito ascenso a la Série-B nacional.

[7]​[8]​ En la Copa do Brasil el club ha disputado cuatro ediciones en 2010, 2012, 2013 y 2015.

El equipo disputa sus partidos en el Estadio Cláudio Moacyr de Azevedo popularmente llamado Moacyrzão construido en 1982 y remodelado totalmente entre 2009 y 2010, el recinto posee una capacidad para 16.000 personas.