El método es aplicable cuando nos encontramos con dos o más lenguas entre las que se supone existe cierta relación genética.
Esto se hace en tres etapas: La relación genética entre dos (o más) lenguas puede establecerse si éstas muestran correspondencias fonéticas regulares en el vocabulario.
El primer paso del método comparativo es, por tanto, recoger listas de cognados para las lenguas que se pretenden comparar, y para las cuales pretendemos en última instancia reconstruir las formas originales de la protolengua que las originó.
Por ejemplo la palabra española tabú guarda una relación de sonido obvia con las seis lenguas polinesias, sin embargo, esa similitud no se debe a ningún parentesco filogenético histórico entre el español y las lenguas polinesias, sino simplemente se trata de un préstamo léxico accidental.
el latín diabolus y el inglés devil, son ambos en última instancia de origen griego).
[6] La escuela neogramática, ya a finales del siglo XIX, enfatizó este punto; de hecho, el lema "las leyes fonéticas no admiten excepciones" ha permanecido como un axioma fundamental en lingüística histórica hasta la actualidad.
Sin embargo, lo anterior no siempre es cierto; por ejemplo, todas las lenguas románicas tomaron como préstamo léxico un término relacionado con tabaco, sin embargo, el latín no poseía una palabra como tabaccu- o tobaccu-, por lo que hay que ser cauteloso con cierto tipo de préstamos y descartar que sea un préstamo reciente antes de atribuirlo a la protolengua.