BEM es aplicable a problemas para los cuales se conoce una función de Green.
Esto restringe la generalidad de los problemas en los que el método se puede aplicar.
En la formulación se pueden incluir también no linealidades, pero esto en general introduce integrales de volumen que requieren que se discretice el dominio, quitando una de las ventajas más resaltadas del método.
Las funciones de Green, o soluciones fundamentales, suelen ser problemáticas a la hora de integrar ya que están basadas en una solución del sistema sujeto a una carga puntual (e.g.
Integrar esas funciones singulares puede ser complicado, en el caso de elementos con geometrías simples (e.g.
Esta característica es comúnmente usada en programas de BEM para acelerar los cálculos.
expansiones multipolares o almacenamiento jerárquico de matrices) para alivianar estos problemas, el costo es la complejidad que se añade y la utilidad está muy ligada al tipo de problemas que se resuelve y a su geometría.