Se interesó particularmente en la matemática, la anatomía, y a historia natural.
A pesar de esa carrera militar, el conde Marsigli siempre encontró tiempo para sus estudios.
Dibujó plantas, hizo observaciones astronómicas, estudió la fauna, minerales y fósiles.Y siempre que pudo, al viajar, recogió muestras y antigüedades de todo tipo.
Seis profesores fueron responsables de diferentes áreas del Instituto, y más tarde agregó una imprenta para producir documentos en latín, en griego, en hebreo y en árabe.
Su tratado sobre los océanos se publicó en 1725, por lo que posteriormente fue considerado el padre fundador de la oceanografía moderna.